Вісім учасників цієї стадії турніру були розподілені на «сіяних» та «несіяних». За підсумками сліпого жеребкування визначились 4 пари команд:

«Ворскла» (Полтава) – «Шахтар» (Донецьк)

«Олександрія» – «Динамо» (Київ)

«Волинь» (Луцьк) – «Зоря» (Луганськ)

«Сталь» (Дніпродзержинськ) – «Дніпро» (Дніпропетровськ)

Чвертьфінальна стадія складається з двох матчів. Перші матчі (базовий день 3 грудня) відбудуться на полі «несіяної» команди. У матчі-відповіді (базовий день 2 березня 2016 року) – відповідно, господарем стане «сіяна». Щонайменше за 12 діб до кожної базової дати Дирекція Прем’єр-ліги визначить конкретні дні проведення та час початку матчів.